Judith Pollmann onderzoekt hoe mensen en samenlevingen in het verleden met verandering omgingen. Dit heeft geresulteerd in werk over vroegmoderne identiteitsvorming, de geschiedenis van het vroegmoderne Nederland en de Nederlandse Opstand; de Reformatie en Contrareformatie in Europa en de sociale geschiedenis van religie; de geschiedenis van het vroegmoderne geheugen, nieuws en publieke opinie. Veel van haar werk is gebaseerd op de studie van kronieken, dagboeken en andere persoonlijke documenten.